Die heutige Niedertraublinger Filialkirche ist dem heiligen Petrus geweiht. Die eigenständige Pfarrei Niedertraubling wurde 1608 mit der Pfarrei Obertraubling vereinigt. Wie bei Sanierungs- bzw. Ausgrabungsarbeiten im Jahre 1987 durch die Archäologen festgestellt werden konnte weist die Kirche vier Bauphasen bzw. Vorgängerbauten auf. Der erste kapellenartige Bau ohne Turm wurde um 1200 errichtet. Es sprechen einige Gegebenheiten, wie z. B. die geographische Lage und die Bauzeit dafür, dass die Kirche im Zusammenhang mit dem Adelssitz bzw. der Hofmark errichtet wurde. Im 15. Jahrhundert erfolgte eine gravierende Umgestaltung und der Anbau des gotischen Polygonalchores. Später wurde der ca. 18 m hohe gotische Turm mit Treppengiebel hinzugefügt. An einem natursteinernen Fenstersturz an der Ostseite des Turmes sind ein Wappen und die Jahreszahl 1533 eingemeißelt. Das heutige Erscheinungsbild weist der Kirchenbau seit etwa 1846 auf.

Den einfachen hallenartigen Kirchenraum zieren verschiedene ältere Kleinode bzw. Kunstwerke. Der barocke, figurenreiche Hochaltar stammt aus dem Jahre 1720 und wurde von dem namhaften Augsburger Meister Paul Dilger gefertigt. An den heute weißen Außenwänden, die noch Teile einer früheren Bemalung aufweisen, sind Plastiken, Bilder und Gedenktafeln zu finden. Besonders zu erwähnen ist eine große spätgotische, buntbemalte Terrakotta-Pieta und eine Holzfigur von St. Anna Selbdritt. Beide Plastiken stammen etwa aus den Jahren 1460/70. Die um 1715 geschnitzten Stuhlwangen sind mit barocken Arkantusranken und Bändern verziert. Der vorhandene barocke Nebenaltar wurde im Jahre 1972 zum Volksaltar umgebaut und vor dem Hochaltar aufgestellt.

Bemerkenswert sind auch die sehr bunten, bleiverglasten Kirchenfenster mit biblischen Darstellungen aus dem Jahre 1903 und 1905, die der Kunstrichtung der Nazarener angehören.

Bei den Grabungsarbeiten im Jahre 1987 hat man verschiedene Gräber freigelegt. Bei den Skeletten fand man z. B. ein Schwert mit reich verziertem Griff, Rädchensporn, ein Bronzemedaillon mit gut erhaltener Darstellung aus dem Jahre 1700, Rosenkranzreste, Anhänger, Ringe und viele sonstige Kleinteile.

Im Jahre 2001/02 wurden an der Kirche und dem Turm wieder aufwändige Sanierungsarbeiten, besonders am Mauerwerk und den Dachstühlen durchgeführt.
Am 30.06.2002 fand die feierliche Einweihung der renovierten Kirche statt.

 Christentum

Nach der Annahme des Christentums durch die römischen Kaiser wurde die Lehre im ganzen damaligen Weltreich verbreitet. So kam durch die römischen Soldaten der christliche Glaube auch zu uns. Die Bajuwaren des 7. Jahrhunderts, die bereits Christen waren, begruben ihre Toten aber noch nach heidnischer Art mit Grabbeigaben aus Waffen und Schmuck. In den Reihengräberfeldern wurden Gegenstände mit heidnischen und christlichen Symbolen gefunden. Da sich der reine christliche Glaube nach den Vorstellungen der Kirche noch nicht so richtig durchgesetzt hatte, wurde das Land im Laufe der frühen Jahrhunderte durch Missionare und Wanderprediger dem, heute noch praktizierten, römisch- katholischen Glauben zugeführt.

 Pfarrei

Wie aus Chroniken zu entnehmen ist, war Niedertraubling um 1500 eine eigenständige Pfarrei. Die älteste Präsentationsurkunde wurde am 07.12.1495 vom Grundherrn Heinrich Nothaft ausgestellt. Er gibt an, dass der Pfarrer von Niedertraubling verstorben sei und an dessen Stelle Linhart Schilher gesetzt werden soll. Die erste namentliche Nennung bzw. die Auflistung der Pfarrer beginnt mit L. °Schilher. Die Pfarrei Niedertraubling wurde laut Urkunde vom 2.09. 1608 durch Bischof Wolfgang II. mit Obertraubling zusammengelegt.

 Krieger-Gedächtnis-Kapelle

Die neubarocke kleine Kapelle, neben dem Kirchweg am Dorfweiher gelegen, wurde 1908 als Lourdes-Kapelle erbaut und war mit einer Marien-Figur in einer natursteinernen Grotte ausgestattet. Im Jahre 1960 wurde die Kapelle zur Gedächtniskapelle umgestaltet. Eine Marien-Figur aus Holz und zwei Marmortafeln, mit den Namen der Gefallenen aus den beiden Weltkriegen, lockern den kahlen Raum auf.

 Wegkapelle

Die kleine Wegkapelle vom Michelhof (heute Pucher) wurde 1750 errichtet und musste 1974 dem Straßenbau weichen. Die Kapelle wurde unentgeltlich von Architekt Herbert Bauer, Bauunternehmer Heinrich Bauer und Schreinermeister Albert Fischer im Jahre 1976 wieder errichtet und 1977  feierlich geweiht.